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Chez les nourrissons souffrant d’allergies alimentaires, on observe souvent un déséquilibre du microbiote intestinal (dysbiose). Cela peut notamment se manifester par une concentration plus faible de bifidobactéries que chez les enfants allaités en bonne santé. En effet, chez ces derniers, les bifidobactéries, transmises dès l’accouchement puis par le lait maternel, occupent une place prédominante dans le microbiote. Au cours des premiers mois de vie en particulier, l’alimentation (en particulier l’allaitement et les aliments lactés pour nourrissons) a une influence considérable sur la composition du microbiote intestinal.
Une modification de la composition du microbiote intestinal joue un rôle important dans l’apparition et le développement d’allergies alimentaires telles que l’allergie au lait de vache et peut retarder le développement de la tolérance orale. Différents facteurs tels que l’accouchement par césarienne, l’administration d’antibiotiques ou l’alimentation par un aliment lacté pour nourrissons peuvent limiter la colonisation par des bactéries utiles telles que les bifidobactéries. Dans le même temps, les facteurs susmentionnés peuvent entraîner la propagation de microorganismes qui apparaissent habituellement à l’âge adulte (p. ex. eubactéries et clostridies).
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